Нашёл в чём дело.

В CubeMX смотрите как правильно сделать проект.

Сохраните этот проект в резервных копиях. Прямо по живому не режте. Работайте только с копией.

В комментариях написано, как лучше сделать замеры.

В каталоге Source есть картинки, на которых результаты измерений.

Прерывание оставьте как есть. HAL не пользуйтесь. При заходе в прерывание обязательно проверять разрешено ли прерывание которое ожидаете и кто вызвал.

После обязательно сбросить флаг прерывания и только после этого приступать к обработке.

Если делать на DMA, что будет правильнее, прерывание нужно будет обрабатывать другое.

И отсылать через UART будет проще. Одним поливом.

С помощью Протеуса отладить ничего не получится.

Нужно отлаживать пошагово с помощью отладчика, анализируя регистры таймера.

В одном учебном заведении безграмотный препод. Пишет по своему. В других так же. Потом выпускники из разных институтов встретятся вместе и будет разговор немых с глухими.

Алгоритм я посмотрел. Несуразностей много. Тема сисег не раскрыта.

Начала писать пункт 3 "Выбор элементарной базы",

Извините, не удержусь никак. Но элементарная база для МКК не подходит, нужно что то посложнее 😀 

Сегодня на работе гляну.

скину, что получится или не получится и вернусь с вопросами 

Будет поздно спрашивать.