Top Overlay - слой для контуров элементов. Если вам нужна маркировка на верхней стороне платы, то этот слой нужно выбрать.
Top Paste - слой паяльной пасты, которая используется для монтажа компонентов.
Top Solder - слой, формирующий вскрытия в паяльной маске. В паяльной маске обязательно должны быть открытые области, как минимум в местах установки компонентов, поэтому если вы планируете наносить маску на верхний слой платы, то нужно выбрать Top Solder.
Top Layer - слой топологии - выбирать его нужно, если на верхней стороне платы есть дорожки.
Слои Bottom Overlay, Bottom Paste, Bottom Solder, Bottom Layer аналогичны уже упомянутым слоям за той лишь разницей, что все они характеризуют нижнюю сторону платы.
слои Mechanical нужны для создания контура платы, для внутренних вырезов, в общем для конструктивных особенностей проектируемой платы. Допустим, мы нарисовали контур платы в слое Mechanical 1, соответственно, его нужно обязательно выбрать в этом окне.
Keep-Out Layer, Top Pad Master, Bottom Pad Master - эти слои чаще всего не нужны для создания платы.